Le 18 janvier 2023, la Commission Européenne a interpellé l’État français sur ces aides que Fret SNCF aurait reçues entre 2007 et 2019. Il lui est reproché l’effacement de 5.3 milliards de dette au profit du groupe SNCF et l’aide indirecte de 4 milliards d’euros. En revanche, la Commission Européenne n’est pas choquée que seul le groupe SNCF finance, via ses bénéfices, un fonds de concours de plusieurs centaines de millions d’euros par an. La Commission Européenne n’est pas choquée non plus que les opérateurs privés bénéficient de ristournes importantes sur le prix des péages et enfin que seule la SNCF assure des missions d’aménagement du territoire via certains de ses TGV. Ce qui choque la Commission Européenne, c’est qu’en pleine crise écologique, le groupe SNCF soutienne son activité de Fret.